出願

願書、明細書、特許請求の範囲及び必要な図面がそろった日が出願日として認定される。外国語書面出願も認められており、先に外国語書面（日本語明細書など）を提出することで出願日が確保できる。この場合、翻訳分（中国語明細書）は出願日から4か月（2か月延長可）以内に提出しなければならない。

方式審査

提出された出願書類が、法に定められた様式に従って作成されているか否かなどが審査される。願書の記載に不備がないか、必要書類は揃っているか（例えば委任状、優先権証明書（アクセスコード））などについて審査がされる。

公開

原則として出願日（最先の優先日）から18ヶ月後に公開される。

実体審査

出願日から3年以内に、何人も審査請求をすることができる。審査請求がされると出願に係る発明が特許要件を満たすか（拒絶理由がないか）、審査される。

拒絶理由通知

出願に係る発明に拒絶理由があると判断した場合、審査官は出願人に対し拒絶理由を通知する。出願人は拒絶理由に対して、意見書提出や明細書等の補正をすることができる。在外者の場合、拒絶理由通知の応答期限は3ヶ月であり、この応答期限は1度に限り3ヶ月の延長が可能である。拒絶理由は複数回通知されることもあり、また最後の拒絶理由通知という制度も存在する（最後の拒絶理由通知を受けた場合、補正の内容が制限される）。ただ一般的に初審査においては拒絶理由通知の通知開始回数は1回～2回である。また実務上、最後の拒絶理由が通知されることは稀である。

特許査定

審査において拒絶理由が存在しないか、または拒絶理由通知を受けた後の補正書又は意見書の内容により拒絶理由が解消したと判断された場合、審査官は特許査定を下す。

拒絶査定・再審査

審査官は、出願人から提出された意見書及び補正書の内容では拒絶理由が解消していないと判断した場合、登録すべきでないとして拒絶査定を下す。

出願人は拒絶査定に対して不服がある場合、査定書の送達後2ヶ月以内に再審査を請求することができる。再審査は初審査と同じく台湾特許庁で行われるが、初審査とは異なる審査官が割り当てられる。なお再審査請求と同時又は再審査の拒絶理由が通知される前であれば、明細書等について補正をすることができる。

訴願、行政訴訟

再審査においても拒絶査定を受けた場合、拒絶査定送達から30日以内に訴願を提起することができる。訴願は台湾特許庁の上級機関である経済部より行われる。訴願の審理を経て棄却（拒絶査定が維持）された場合は、行政訴訟を提起することができる。行政訴訟は知的財産裁判所で第一審（事実審）、最高行政裁判所で第二審（法律審）が行われる。

登録

特許査定書の送達後3ヶ月以内に証書料及び1年目の特許料を納付することで、登録・公告がなされる。証書料及び1年目の特許料が納付されるとおよそ1~2か月後に登録証が発行される。なお特許料は福数年分まとめて納付することも可能である。

出願人は故意ではなく所定の期限内に証書料及び1年目の特許料を納付しない場合、納付期間終了後6ヶ月以内に2倍の登録料を納付すれば、登録証が発行される。

特許料（年金）納付

特許料の起算日は登録日である。 2年目以降の各年分の特許料は期限満了までに納付しなければならない。数年分を一括して納付することもできる。特許料の変更があった場合であっても、その差額の追納を要しない。

権利満了

特許権は、出願日から20年を経過した日に存続期間が満了し、消滅する。 但し、医薬品や農薬に係る発明については、5年を限度に特許権の存続期間の延長が認められる場合がある。